Amplikasi isoterma berpengantara gelung (LAMP) merupakan teknik amplifikasi gen
yang menghasilkan produk akhir iaitu mendapan keruh magnesium pirofosfat yang
boleh dianalisis dengan hanya menggunakan mata kasar. Penggunaan pewarna
interkalat yang sesuai adalah penting kerana ia boleh meningkatkan sensitiviti dan
mengurangkan keputusan positif palsu dan negatif palsu untuk pengesanan. Kajian
ini bertujuan untuk membandingkan prestasi tiga pewarna interkalat yang berbeza;
SYBR Green I, SYBR Safe dan pewarna berasaskan calcein di dalam asai LAMP
HPV-16 melalui visualisasi oleh mata kasar, elektroforesis gel dan mesin masanyata
turbidimeter. Reaksi LAMP dilakukan menggunakan amplifikasi kit Loopamp
DNA berisipadu sebanyak 25 μl. Campuran reaksi dieram pada suhu 60�C selama
60 minit dan ditamatkan menggunakan suhu 80�C selama 5 minit dalam mesin
masa-nyata turbidimeter. Untuk pengesanan menggunakan mata kasar, SYBR
Green I dan SYBR Safe telah dicairkan dalam 1:10 DMSO dan telah ditambah ke
dalam tiub yang mengandungi campuran reaksi selepas proses amplifikasi berlaku
manakala calcein ditambah sebelum proses amplifikasi. Sensitiviti asai telah disiasat
menggunakan pencairan DNA HPV-16 yang berkepekatan bermula dari 101
salinan/
μl to 108
salinan/μl. Ketiga-tiga pewarna mempamerkan keputusan yang sama
dari segi sensitiviti dengan had pengesanan adalah 103
salinan/μl. Penambahan
calcein di dalam asai menunjukkan masa pengesanan bertambah selama 10 minit
dengan menggunakan mesin nyata-masa turbidimeter. Prestasi ketiga-tiga pewarna
interkalat untuk pengesanan mata kasar adalah setanding dan boleh digunakan
untuk aplikasi pemeriksaan titik akhir dalam asai HPV-16, manakala dengan mesin nyata-masa turb
A PCR assay has been developed based on a lolB (hemM) gene, which was found to be highly conserved among the Vibrio cholerae species but non-conserved among the other enteric bacteria. The lolB PCR detected all O1, O139 and non-O1/non-O139 serogroup and biotypes of V. cholerae. The analytical specificity of this assay was 100% while the analytical sensitivity was 10 pg/microL and 10(3) CFU/mL at DNA and bacterial level respectively. The diagnostic sensitivity and specificity was 98.5% and 100% respectively.