Susun atur 3-dimensi (3D) yang sama boleh disalah cerap sebagai berbeza dari sudut penglihatan yang berlainan.
Bagi makromolekul biologi, permasalahan ini juga dihadapi oleh algoritma pencarian susun atur 3D. Keputusan
hasil larian yang sama akan diperoleh berulang kali (data lewah) kerana hasil tersebut boleh mempunyai susun atur
jujukan berbeza. Permasalahan ini tidak ditemui di dalam pencarian jujukan. Dalam kajian ini, dua kaedah untuk
menyaring data lewah tersebut telah dibangunkan dan dibandingkan iaitu kod Prüfer (berasaskan teori graf) dan
kaedah saringan data lewah (dibangunkan secara khusus untuk kajian). Model hasil carian pula adalah menggunakan
COnnection tables Graphs for Nucleic ACids (COGNAC) bagi pencarian interaksi kelompok bes berikatan hidrogen.
Perbandingan yang dilakukan menunjukkan bahawa kaedah saringan data lewah mampu untuk mengenal pasti dan
menyaring antara 50.5% sehingga 80% data lewah daripada hasil larian asal COGNAC berbanding kod Prüfer yang
hanya mengenal pasti dan menyaring 50% data lewah daripada hasil larian asal COGNAC. Oleh itu, kaedah saringan
data lewah telah diimplementasi ke dalam COGNAC. Selain itu, kaedah saringan data lewah ini juga boleh diguna
pakai untuk algoritma yang tidak bergantung kepada jujukan bagi pencarian motif 3D dalam struktur protein.
Penemuan sasaran dadah antikoksidia baharu merupakan antara usaha yang diperlukan untuk mengawal penyakit koksidiosis ayam yang disebabkan oleh spesies Eimeria. Dalam kajian ini, serpihan yang mengekodkan glikogen sintase kinase-3 (GSK-3) Eimeria tenella putatif telah diamplifikasi daripada cDNA E. tenella. Hasil pemadanan homologi menunjukkan jujukan GSK-3 E. tenella yang terjana mempunyai padanan yang tinggi dengan jujukan GSK-3 organisma lain. Domain terpulihara GSK-3 dan residu yang penting untuk aktiviti GSK-3 juga diramalkan hadir dalam jujukan GSK-3 E. tenella. Analisis struktur sekunder serta pemodelan homologi menunjukkan pembahagian struktur protein kepada domain bebenang beta pada hujung N dan domain heliks alfa pada hujung C, yang merupakan ciri enzim GSK-3. Kesemua hasil analisis ini menyokong bahawa jujukan yang dikaji mengekodkan protein GSK-3 dalam E. tenella. Walaupun darjah keterpuliharaan adalah tinggi, namun terdapat perbezaan yang bermakna diperhatikan antara GSK-3 E. tenella dan perumahnya. Residu Ser 9 yang dilaporkan penting untuk perencatan aktiviti GSK-3 didapati tidak terpulihara dalam GSK-3 E. tenella. Memandangkan Ser 9 merupakan tapak pemfosfatan bagi GSK-3β dalam haiwan vertebrata, ketiadaan residu ini dalam jujukan GSK-3 E. tenella mencadangkan bahawa pengawalaturan GSK-3 E. tenella melibatkan tapak pemfosfatan dan mekanisme yang berbeza. Tambahan pula, hasil analisis filogenetik menunjukkan bahawa GSK-3 E. tenella mempunyai pertalian yang rapat dengan protein GSK-3 tumbuh-tumbuhan. Analisis superposisi GSK-3 E. tenella dengan GSK-3β Homo sapiens pula menunjukkan bahawa perencat GSK-3 mampu berinteraksi dengan protein GSK-3 E. tenella. Keputusan kajian ini mencadangkan bahawa GSK-3 E. tenella mempunyai potensi untuk diperkembangkan sebagai sasaran dadah antikoksidia.
Burkholderia pseudomallei is the causative agent of melioidosis, an
infectious disease endemic in Southeast Asia and northern Australia. Cases have been
reported in Pahang, Johor Bahru and Kedah. The disease is difficult to combat as B.
pseudomallei has shown resistance to various antibiotics and much is still not understood
about its pathogenicity. It is suggested that investigating the bacterium hypothetical
proteins may provide potential new targets for the development of antimicrobials. The
gene of interest in this study, BPSL2774, encoding BPSL2774 hypothetical protein, is a
target gene that was predicted as essential using transposon-directed insertion site
sequencing technique (TraDIS). We aimed to express and purify soluble GST-tagged
BPSL2774 protein at sufficient concentration for future functional assays. (Copied from article).