Penggunaan penanda DNA boleh mengurangkan masalah dalam kultur tisu khususnya apabila diaplikasikan semasa
pemilihan pokok untuk kultur tisu. Oleh itu, penyelidikan ini dijalankan bertujuan untuk membina penanda molekul
bagi kultur tisu kelapa sawit prolifik dengan menggunakan teknik polimorfisme panjang cebisan teramplifikasi (AFLP).
Analisis AFLP dijalankan ke atas 20 klon kelapa sawit yang terbahagi kepada tiga kelas iaitu klon tidak prolifik (10
jenis klon), klon normal (6 jenis klon) dan klon prolifik (4 jenis klon). Kesemua klon yang digunakan adalah daripada
titisan sel yang berbeza. Sebanyak 25 kombinasi pencetus telah digunakan dalam analisis AFLP dan 13 daripada mereka
memberikan corak amplifikasi polimorfisme. Daripada hasil ini, sebanyak 44 cebisan polimorfik telah dipencilkan dengan
33 cebisan adalah bagi klon tidak prolifik, 1 cebisan bagi normal dan 10 cebisan bagi klon prolifik. Cebisan ini telah
diklon ke dalam plasmid, berjujukan dan seterusnya, analisis jujukan dijalankan. Sebanyak 36 cebisan polimorfik telah
digunakan bagi kajian seterusnya. Berdasarkan kepada jujukan yang diperoleh, sepasang pencetus yang khusus kepada
setiap cebisan telah dijana. Jangkaan julat saiz jalur DNA yang diamplifikasi bagi setiap pencetus adalah antara 70
hingga 500 bp. Pasangan pencetus yang optimum diuji ke atas 20 jenis klon kelapa sawit untuk mengesahkan penanda
yang telah dibina. Daripada 36 pasangan pencetus yang dibina, 2 pasang pencetus telah menunjukkan potensi untuk
digunakan sebagai penanda kepada kultur tisu kelapa sawit prolifik.
Metalotionin (MT ) merupakan protein pengikat logam berberat molekul rendah dan kaya dengan sistein yang hadir dalam pelbagai jenis organisma termasuklah bakteria, kulat, tumbuhan dan haiwan. MT tumbuhan dipercayai mengambil bahagian dalam metabolisme dan penyahtoksikan logam dengan cara pengkelatan ion-ion logam berat. Fungsinya yang unik ini telah mendorong minat untuk memencilkan gen MT daripada rumput sambau, Eleusine indica. DNA pelengkap (cDNA) eiMT 1 telah diklonkan ke dalam vektor binari pBI121 untuk ditransformasikan ke dalam pokok tembakau melalui perantaraan Agrobacterium tumefaciens. Penyaringan pokok tembakau transgenik dengan PCR dilakukan menggunakan 3 pasang pencetus yang direka khas iaitu pasangan CMT F dan CMT R, 35SF dan PMT R, dan pasangan pencetus khusus-gen MT FS2 dan MT RS2. Ketiga-tiga pasangan pencetus ini berjaya menghasilkan saiz serpihan DNA jangkaan iaitu masing-masing 270 pb, 1.1 kb dan 170 pb. Penjujukan terhadap serpihan bersaiz 170 pb dan analisis jujukan menunjukkan persamaan 100 % dengan eiMT 1. Kajian pengekspresan gen melalui pendekatan transkripsi berbalik-PCR membuktikan bahawa transgen eiMT 1 telah berjaya diekspreskan dalam 11 daripada 19 pokok transgenik yang dikaji.
We report here the isolation and sequence analysis of a cDNA fragment for an endoglucanase gene from Aspergillus terreus SUK-I. A pair of primers was designed based on conserved regions of endoglucanase gene. Amplification of A. terreus SUK-I cDNA using the primers produced a DNA band of 642 bp. The cDNA fragment was purified and cloned into pCR®ll-TOPO plasmid vector. The cDNA insert was designated as SA2 and sequenced. Analysis of the SA2 sequence showed a high degree of identity towards endoglucanase gene sequences from A. aculeatus, A kawachii and Talaromyces emersonii. While, the putative amino acid sequence of SA2 showed 74 % identity towards endoglucanase protein from Thermoascus aurantiacus and 69 % identity towards endoglucanase protein from A. kawachii, A. niger, A. aculeatus and A. nidulans. A 66 % identity between SA2 putative amino acid sequence and A. oryzae endoglucanase protein sequence was also observed. Therefore, we concluded that SA2 codes for a putative endoglucanase gene of A. terreus SUK-I.
[Kami melaporkan di sini pemencilan dan analisis satu fragmen cDNA untuk gen endoglukanase daripada Aspergillus terreus SUK-I. Sepasang pencetus telah direkabentuk berasaskan kepada kawasan terpelihara gen endoglukanase. Amplifikasi cDNA A. terreus SUK-I menggunakan pencetus berkenaan menghasilkan satu jalur DNA bersaiz 642 pb. Fragmen cDNA berkenaan telah ditulenkan dan diklonkan ke dalam vektor plasmid pCR®II-TOPO. cDNA selitan telah dilabelkan sebagai SA2 dan dijujukkan. Analisis terhadap jujukan SA2 menunjukkan sebahagian daripada jujukan SA2 mempunyai darjah identiti yang tinggi terhadap jujukan gen endoglukanase daripada A. aculeatus, A. kawachii dan Talaromyces emersonii. Sementara, jujukan asid amino putatif SA2 menunjukkan identiti sebanyak 74% terhadap protein endoglukanase daripada Thermoascus aurantiacus dan identiti sebanyak 69% terhadap protein endoglukanase daripada A. kawachii, A. niger, A. aculeatus dan A. nidulans. ldentiti sebanyak 66% juga diperhatikan di antara jujukan asid amino putatif SA2 dan jujukan protein endoglukanase A. oryzae. Oleh itu, kami membuat kesimpulan bahawa SA2 mengkodkan gen putative endoglukanase A. terreus SUK-I].
Sembilan aktinomiset endofit telah berjaya dipencilkan daripada pokok yang mempunyai nilai ubatan dari beberapa tempat di Semenanjung Malaysia. Pencilan tersebut telah dikenalpasti melalui pemerhatian morfologi, amplifikasi gen 16S rRNA dan analisis penjujukan 16S rRNA. Saringan awal terhadap aktiviti antimikrob telah dilakukan dengan menggunakan teknik calitan plat. Pembentukan miselium substrat dan aerial, warna jisim spora, pigmen larut dan morfologi rantai spora pada semua pencilan menyerupai Streptomyces sp. dan Microbispora sp. Analisis filogenetik jujukan separa 16S rRNA mendapati pencilan SUK 08, SUK 10 dan SUK 15 saling berkaitan dengan Streptomyceseurythermus ATCC 14975T. Walau bagaimanapun pencilan ini telah dipencilkan dari tumbuhan yang berbeza. Pencilan ini didapati mempunyai aktiviti antimikrob terhadap bakteria dan kulat kajian. Empat pencilan aktif iaitu SUK 08, SUK10, SUK 12 dan SUK 15 berupaya untuk membunuh dan merencat sehingga 100% satu atau lebih organisma patogen seperti Bacillus subtilis, Aspergillus fumigatus, Aspergillus niger, Fusarium solani, Rhizoctonia solani dan Trichoderma viride. Kajian ini mengesahkan bahawa tumbuhan etnoperubatan adalah sumber pencarian aktinomiset endofit bioaktif yang berupaya menjadi sumber novel dalam pencarian agen antibakteria dan antimikotik.
The aim of this work is to investigate the effect of exposure of heavy metals such as Ni, Fe and Mn on the growth of the cyanobacteria Anabaena flos-aquae, which can be found in fresh water environment. Results of the experiments showed that exposure of A. flos-aquae to Ni caused the most toxic effect as compared to exposure with Fe and Mn. The 96 hr LC50 value for Ni exposure was 0.321 mg/mL (approximately 30% inhibition), whereas Mn was the second most toxic metal followed by Fe with the 96 hr LC50 values of 0.684 mg/mL and 3.020 mg/mL respectively. This study demonstrated that even though Fe and Mn are essential micronutrients for A. flos-aquae, both show toxic effects at high concentrations. The difference in the toxicity value between Fe and Mn for A. flos-aquae is five times and this indicates that Mn was five times more toxic to A. flos-aquae than Fe suggesting that the Cyanobacteria is more tolerant to Fe when compared with Mn.
The zebrafish (Danio rerio) has become a prevailing vertebrate model for developmental biology studies due to its ease of care, rapid embryogenesis stages development and translucent embryos. In this studies, ATM Kinase and MRN complex role as DNA damage response proteins during embryogenesis was examined by using specific MRN complex (Mirin) and ATM Kinase inhibitors (Ku60019 and Ku55933). To create DNA lesions in zebrafish, embryos at mid-blastula transition (MBT) stage were exposed to inhibitors (Mirin, Ku60019 or Ku55933) and later exposed to UVC irradiation wavelength of between 100 to 280 nm. Hatching but with visible physical deformation was observed for embryos treated with Mirin, Ku60019 or Ku55933 and UVC exposure at concentration of 3μM, 1.5 nM and 3nM or lower, respectively up to 72 hours-post fertilisation (hpf). On the other hand, no deformities were observed for all control as well as mock treated embryos. This study confirmed that DNA damage response proteins are crucial during embryo development to prevent undesired abnormal biological development. Thus, it is proven that protein inhibitors are a cheaper alternative in valuating specific protein roles during embryogenesis compared to both genomic and transcription modification tools.