Satu kajian penilaian kualiti ekosistem sungai di Sungai Kongkoi di Negeri Sembilan telah dijalankan dengan menggunakan makroinvetebrat bentik sebagai penunjuk biologi. Pensampelan telah dijalankan di 5 stesen yang telah dipilih dan tiga replikasi sampel air telah diambil untuk dianalisis. Makroinvertebrat bentik telah disampel dengan menggunakan jaring Surber pada tiga titik pensampelan yang berbeza. Pengukuran in situ telah dilakukan bagi parameter suhu, pH, oksigen terlarut (DO) dan kekonduksian dengan menggunakan meter YSI 556 MPS. Analisis makmal dilakukan
untuk parameter jumlah pepejal terampai (TSS), permintaan oksigen biokimia (BOD5), permintaan oksigen kimia (COD) dan ammoniakal-nitrogen (NH3-N). Berdasarkan kepada indeks kualiti air (WQI) dan pengkelasan sungai di Malaysia (NWQS), Sungai Kongkoi didapati mempunyai kualiti air yang baik dan berada dalam Kelas 1. Ujian ANOVA satu hala menunjukkan bahawa kebanyakan parameter kualiti air tidak berbeza dengan nyata di sepanjang stesen pensampelan (p>0.05, α=0.05). Sejumlah 2 filum, 3 kelas, 8 order, 32 famili dan 3228 individu makroinvertebrat bentik telah dikenal
pasti dan didominasi oleh famili Baetidae, Perlidae, Hydropsychidae dan Elmidae. Ujian faktor menunjukkan setiap famili di atas adalah paling sesuai digunakan sebagai penunjuk biologi di kawasan rekreasi.