Kajian yang dijalankan ini bertujuan untuk menilai indeks kualiti air di sekitar kawasan lombong di Sungai Pelepah Kanan, Kota Tinggi, Johor. Sebanyak enam stesen pensampelan telah dipilih dari bahagian hulu ke hilir sungai ini untuk menilai indeks kualiti air di sepanjang sungai tersebut. Tiga replikasi sampel telah diambil daripada setiap stesen pensampelan. Pengambilan sampel dilakukan pada dua musim yang berbeza iaitu musim kering (Julai) dan musim hujan (Disember) 2007. Parameter in-situ yang ditentukan dalam kajian ini ialah suhu, pH, oksigen terlarut (DO) dan konduktiviti. Parameter ex-situ yang dianalisis dalam makmal ialah turbiditi air, jumlah pepejal terampai (TSS), keperluan oksigen biokimia (BOD), keperluan oksigen kimia (COD) dan ammonia nitrogen (NH3-N). Berdasarkan Piawaian Interim Kualiti Air Kebangsaan Malaysia (INWQS) hasil kajian yang diperolehi menunjukkan semua stesen pensampelan di Sungai Pelepah Kanan pada bulan Julai berada dalam kelas I kecuali oksigen terlarut dan pH berada dalam kelas II. Selain itu, hasil kajian pada bulan Disember juga menunjukkan semua parameter fiziko-kimia berada dalam kelas I-II kecuali pH berada dalam kelas III. Ujian korelasi menunjukkan terdapat hubungan bererti antara parameter-parameter fiziko-kimia yang di tertentukan. Analisis Indeks Kualiti Air (IKA) menunjukkan nilai purata IKA pada bulan Julai adalah 96.88 (kelas I) manakala pada bulan Disember telah merosot ke 84.03 (kelas II). Berdasarkan kepada nilai IKA dan perbandingan dengan INWQS, indeks kualiti air Sungai Pelepah Kanan adalah berada pada tahap yang bersih dan kurang mengalami pencemaran yang serius daripada aktiviti antropogenik mahupun pencemaran secara semula jadi.