Rawatan ortodontik boleh menjejaskan keseimbangan mikrobiota oral yang memainkan peranan utama dalam etiologi penyakit periodontium. Kajian klinikal prospektif ini bertujuan untuk menilai kesihatan periodontal dan profil mikrobiologi pesakit periodontal yang sihat (Kumpulan 1) dan yang telah stabil (Kumpulan 2) selama tiga bulan pertama semasa rawatan ortodontik. Aplian ortodontik atas dan bawah tetap dipasang. Kesihatan periodontium dinilai menggunakan skor plak (PS), pendarahan pada probing (BOP) dan kedalaman poket (PD). 29 tapak telah diambil untuk persampelan plak subgingival. Sampel plak diinokulasikan pada agar Trypticase Soya Darah (TSBA) dan agar Trypticase Soya Bacitracin Vancomycin (TSBV) untuk penilaian aerob, anaerob, bakteria berpigmen hitam (BPH) dan Aggregatibacter actinomycetemcomitans. Semua ukuran diambil sebelum pendakap gigi dipasang (T0), 1 minggu (T1), 1 bulan (T2) dan 3 bulan selepas dipasang pendakap gigi (T3). Secara umumnya, kesihatan periodontium dalam kedua-dua kumpulan hampir sama. Selepas 1 minggu, bilangan aerob adalah lebih tinggi dalam Kumpulan 1 (88%) manakala anaerob adalah lebih tinggi dalam Kumpulan 2 (45%). A. actinomycetemcomitans lebih tinggi dalam Kumpulan 1 pada T0 dan T1 tetapi jauh lebih tinggi dalam Kumpulan 2 di T3. BPH adalah minimal pada setiap masa dengan tiada perbezaan signifikan. Oleh itu, semasa 3 bulan pertama rawatan ortodontik dijalankan, terdapat perubahan ketara dalam bilangan aerob-anaerob pada kedua-dua pesakit periodontal yang sihat dan stabil. Bakteria patogenik akan meningkat semasa rawatan awal ortodontik.